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聖櫃(アーク)をナチスから奪い返したインディは、カタンガ船長の船に乗せてもらう。一安心と思ったところに、ナチスの潜水艦(Uボート)が現れ、マリオンと聖櫃(アーク)は奪われてしまう。船内に隠れていたインディは、船から泳いで潜水艦にたどりつく。この後、一気に潜水艦がたどりついたナチスの秘密基地のシーンに移る。潜水艦の外にいたインディが、どのようにして秘密基地までたどりついたかは不明。
撮影に使われた潜水艦は、同時期に撮影されていた西ドイツ映画「U・ボート」(1981)でも使用されていたもの。だが、取り扱っていた会社が、「U・ボート」の撮影スタッフに伝えていなかったため、突然潜水艦がなくなったことに「U・ボート」の撮影スタッフは驚いたという。