一流ホテルとホームレスが溢れる公園の狭間で車上生活を送る名越。そこに突然、奇抜なファッションに身を包んだ研修医・伊藤が目の前に現れる。「頭蓋骨に穴を空けさせて欲しい」という突然の要求に戸惑う名越だったが、 “生きる理由”を与えるという伊藤の言葉に動かされ、第六感が芽生えると言われるトレパネーションを受けることに。術後の名越には、人間が異様な姿に変貌した世界が見える。その現象を「他人の深層心理が、視覚化されて見えている」と説く伊藤。彼はその異形をホムンクルスと名付ける。ホムンクルスと化した人々の心の闇と対峙していく中で、名越の過去が徐々に紐解かれ、自らの失った記憶と向き合うことになる。

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