胸にドラゴンの形をしたアザを持つ総合格闘技の選手＜コール＞は自らの生い立ちを知らぬまま金のために戦う日々を送っていたが、ある日、魔界の皇帝が＜コール＞を倒すために放った最強の刺客＜サブ・ゼロ＞に命を狙われる。＜コール＞は家族の危険を察知し、特殊部隊少佐＜ジャックス＞と女性戦士＜ソニア＞と合流。地球の守護者＜ライデン＞の寺院を訪れる。そこで太古より繰り広げられてきた世界の命運を懸けた格闘トーナメント“モータルコンバット”の存在と、自らが魔界の敵たちと戦うために選ばれた戦士であることを知る。