日本の闇の組織から、ある男の命を救ったスネークアイズは、秘密忍者組織”嵐影”への入門を許可される。600年の間、日本の平和を守り続けた”嵐影”は、悪の抜け忍集団と国際テロ組織”コブラ”連合軍による攻撃にさらされ、危機に瀕している。スネークアイズは嵐影の”3つの試練”を乗り越え、真の忍者となり、迫りくる”忍者大戦”から、世界を守ろうとする。